No existe ningún documento por el que se pueda asegurar por quién y cuándo fue fundado Almoharín. La toponimia de la villa nos lleva a la existencia de un núcleo poblado en la etapa árabe, la versión más aceptada es que fue fundado por los almohades a mediados del siglo XII. Etimológicamente, Almoharín, antes Almojarin, es una palabra árabe que significa la atalaya o vigía.

Durante la edad del bronce, los asentamiento humanos están ligados al aprovechamiento de los recursos agropecuarios, pero también a la explotación y comercialización de abundantes recursos minero-metalúrgicos, especialmente los de estaño.

De época romana también hay restos en nuestra localidad, en concreto restos de una Villae Romana de más de 250 metros cuadrados, donde aparecieron restos cerámicos del siglo III. Además en el paraje La Vega, dentro del municipio, se hallaron enterramientos fechados en el S. II.

Almoharín fue reconquistada por los Caballeros de la Orden de Santiago hacia el año 1234.

En 1596 Felipe II concedió a Almoharín el título de Villa. Su escudo de armas es una Cruz Roja de Santiago sobre campo de Oro.